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组学技术服务平台
来源: | 作者:郑华军 | 发布时间: 2019-08-27 | 143 次浏览 | 分享到:

组学技术服务平台由原基因组测序部和原生物信息学部整合组建,并于2011年获上海市科委公共研发平台评审授予“上海市基因测序及分析专业技术服务平台”,是上海市在基因测序领域唯一的专业技术服务平台。平台建有各类测序仪,包括第三代测序系统PacBio SequelRSIIOxford NanoPore,第二代测序系统Hiseq2500NextSeq500Miseq, 以及第一代测序仪ABI3730等,并配有曙光等多种服务器,可满足高通量基因测序的数据存储、运算和分析等需求。

 

平台主要为开展人类疾病、病原生物、动植物和微生物等基因组和转录组测序等研究工作提供高质量技术支撑,曾经先后承担和参与了国家多项重大基因组研究项目,包括人类基因组计划、黑猩猩22号染色体测序、水稻4号染色体测序、日本血吸虫基因组测序等。尤其在微生物基因组研究领域,广泛开展病原微生物基因组学和转录组学等的大规模“组学”研究,开展肠道菌群监测、鉴定和分析等宏基因组学研究,开展疾病相关的免疫诊断和治疗的基础和转化型研究,开展和病原菌分子诊断相关的检测方法学建立,包括对疾病相关的常见病毒、细胞和真菌等建立基于定量PCR和二代测序的新型检测方法。

 

20年的发展过程中,平台先后为国内1000多家科研院所和企业提供包括基因组、转录组、宏基因组、微生态以及靶向测序等领域的服务,为服务单位取得一系列重要科研成果发挥了重要的技术支撑作用。研究成果发表在包括Nature, Nature Genetics, Nature Medicine, Science等顶级学术杂志上。而在微生物基因组研究领域,已有一百余篇论文发表在专业学术期刊上,如Cell Res, Molecular MicrobiologyBMC GenomicsJ Biotechnol, J Bacteriol已成为上海市生物医药领域研发共享专业技术服务重要基地。